Keanekaragaman hayati dapat dibedakan menjadi 3 tingkatan :
1. Keanekaragaman hayati tingkat gen
Merupakan keanekaragaman individu-individu dalam satu spesies yang disebabkan karena perbedaan gen
Ciri : spesies/jenis sama
gen atau varietas berbeda
Contoh :
a. Padi (Oryza sativa) rojolele, padi atomita, padi IR 64
b. Mangga (Mangifera indica) arum manis, mangga manalagi, mangga golek
c. Pisang (Musa paradisiaca) ambon, pisang kepok, pisang raja
d. Kelapa (Cocos nucifera) hijau, kelapa gading, kelapa kopyor
2. Keanekaragaman tingkat spesies/jenis
merupakan keanekaragaman individu-individu yang berbeda spesies tetapi masih mempunyai hubungan kekerabatan
Ciri : spesies/ jenis berbeda
genus/ family/ ordo /class/ divisi/filum sama
Contoh :
a. Jeruk bali, jeruk lemon, jeruk nipis
b. Jambu biji, jambu air, jambu monyet
c. Kelapa hijau, aren, siwalan, lontar
d. Kucing, anjing, harimau
3. Keanekaragaman tingkat ekosistem
merupakan keanekaragaman ekosistem-ekosistem yang ada di biosfer beserta vegetasi utamanya
contoh: gurun, hutan hujan tropis, tundra, taiga